Обычно, когда ищут новые лекарства, ученые опираются на жесткие кристаллические структуры белков. Но многие важные для организма белки, включая рецептор CD163-SRCR5, содержат подвижные петли, которые кристаллография просто не видит. А ведь именно эти петли часто распознают вирусы и другие молекулы — значит, они идеальная мишень для препаратов, но и самая сложная.

В этом исследовании ученые пошли другим путем: они использовали молекулярную динамику, чтобы «оживить» структуру CD163-SRCR5, и обнаружили скрытый карман, который не виден в кристалле. Его назвали p5-343. Затем провели виртуальный скрининг базы перепрофилированных лекарств и нашли байкалин — растительный флавоноид с известной противовирусной активностью. Расчеты подтвердили: он прочно связывается с рецептором.

Молекулярная динамика (MD) — это компьютерное моделирование, где атомы белка «двигаются» по законам физики, как шарики на вибрирующем столе. Позволяет увидеть, как белок изгибается в воде за микросекунды, что невозможно в эксперименте.

Результаты опубликованы в издании The Journal of Physical Chemistry Letters.

Этот метод — не просто локальное решение для одного белка. Он работает с любыми системами, где важна гибкость:

• Вирусные белки с «размытой» структурой
• Мембранные рецепторы, меняющие форму
• Комплексы патогенов и клеток хозяина

Теперь у фармакологов есть инструмент, который видит то, что раньше ускользало.

Исследование ломает шаблоны: вместо статичной «фотографии» белка — динамичная модель, которая учитывает его естественные движения. Это критично для разработки препаратов против сложных мишеней вроде GPCR-рецепторов или вирусных белков, где традиционные методы часто дают ложные результаты. Практическая выгода? Ускорение доклинки и снижение стоимости — виртуальный скрининг дешевле высокопроизводительного. Банайлин уже проверен in vivo, значит, его можно быстрее довести до клиники.

Главный вопрос — насколько модель p5-343 соответствует реальности in vivo. MD-симуляции проводят в упрощенных условиях (например, без учета липидного окружения мембраны), а свободная энергия связывания байкалина рассчитана in silico. Без экспериментального подтверждения (например, крио-ЭМ или ЯМР) доверять прогнозам рано.

Ранее мы опубликовали 10 инноваций в фармацевтической промышленности.