С помощью игры создан оптимальный алгоритм сборки РНК

Методы сборки молекул РНК, предложенные участниками онлайн-игры EteRNA, дали возможность разработать алгоритм сборки, который значительно лучше существующих.

Это вряд ли было бы возможно, если бы игроки в EteRNA просто выдавали структуры, применяя онлайн-симулятор.

«Синтезируя самые удачные структуры в условиях лаборатории Рхиджу Даса, что в Стэнфорде, мы предоставляем сообществу обратную связь — что будет работать, а что нет в реальном мире. В итоге любители помогли нам уяснить принципы сборки РНК и значительно расширили возможности науки», говорит Андриан Трейе, университет Карнеги-Меллон.

Онлайн-игра EteRNA дала возможность объединить усилия почти 37 тысяч любителей, которые решали двумерные головоломки, что связаны со сборкой молекул РНК. Следует отметить, что при этом они получали от самого Трейе и его коллег итоги экспериментов, в которых данные молекулы РНК действительно синтезировалась по выдуманным ими способами.

Применяя методы машинного обучения, эксперты создали на базе наиболее удачных способов сборки РНК алгоритм EteRNAbot. Ученые сравнили эффективность работы этих игроков, алгоритма EteRNAbot и двух самых современных алгоритмов с целью разработки структур молекул РНК.

Для расчета структуры молекулы у обычного компьютера уходит чуть менее минуты, в то время как человек затрачивает на это 1-2 дня. Плюс проверка данных в лаборатории занимает около месяца, в в целом тестирование занимает год. Результаты свидетельствуют, что структура, которая создана человеком, в 99% случаев превосходит итоги работы обычного алгоритма, в то же время структуры, разработанные с помощью EteRNAbot — в 95%. Сейчас исследователи планируют включить в подобную игру сборку трехмерных структур.

28.01.2014